Im Jahre 1627 wurde auch Pommern in den 30jährigen Krieg verwickelt. Die kaiserlichen Truppen unter Wallenstein rückten ins Land ein. Nur die Stadt Stralsund widerstand den Belagerern, die ganze Landstriche verwüsteten. Natürlich wurde die Bevölkerung nicht geschont, etwa zwei Drittel der Bewohner verloren ihr Leben. Am 26. Juni 1630 landete Gustav II. Adolf mit 15000 Soldaten in Peenemünde auf der Insel Usedom. Im Verlauf des Krieges besetzten die Schweden ganz Pommern, sie blieben bis zum Ende des Krieges auf deutschem Boden siegreich. 1637 starb mit Herzog Bogislaw XIV. in Stettin das pommersche Fürstenhaus der Greifen aus, damit endete die pommersche Eigenstaatlichkeit. Schweden weigerte sich nun, das Land den erbberechtigten brandenburgischen Kurfürsten zu übergeben. Im Friedensvertrag von Osnabrück 1648 erhielt Schweden dann in der Tat Vorpommern mit Rügen und einem Teil Hinterpommerns zugesprochen. Schweden hat allerdings zu keiner Zeit den Versuch unternommen, den Pommern die schwedische Sprache und Kultur aufzuzwingen.
Die Verwaltung lag fast ausschließlich in den Händen von Einheimischen. Nach dem Edikt von Potsdam 1685 nahm auch Schwedisch - Pommern französische Glaubensflüchtlinge (Hugenotten) auf, diese führten unter anderem den Tabakanbau im Land ein.
Seit 1616 litten die Bauern in Pommern immer mehr unter der Leibeigenschaft, viele kleine Bauernhöfe verschwanden von der Landkarte. Es kam zum sogenannten "Bauernlegen". Schweden befand sich seit dem 31. Oktober 1805 mit Frankreich im Kriegszustand. König Gustav IV. Adolf erließ am 30. April 1806 eine Verordnung über die Errichtung einer pommerschen Landwehr im Kriegsfalle. Ernst Moritz Arndt hatte im Auftrage der Regierung an dieser Verordnung mitgearbeitet. Napoleon leitete im Sommer 1806 mit seinem Sieg in der Dreikaiserschlacht bei Austerlitz das Ende des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation ein. Nun war auch die deutsche Reichszugehörigkeit von Schwedisch - Pommern unmittelbar vom Krieg betroffen. In dieser Situation entschloß sich der schwedische König Gustav IV. Adolf, Schwedisch - Pommern in vollem Umfang an Schweden anzugliedern.

Es sollte eine schwedische Provinz werden. Die Niederlage Preußens in der Schlacht von Jena und Auerstedt führte jedoch zur Besetzung Pommerns durch die Franzosen, sie nahmen Greifswald im Januar 1807 ein. Zu den Verbündeten Napoleons gehörte auch das Land Mecklenburg. Es stellte einen Teil der Besatzungstruppen in den eroberten Gebieten. Am 24.Mai 1809 überschritt Ferdinand von Schill mit seinen Truppen die Grenze zu Schwedisch - Pommern. Bereits einen Tag später gelang es ihm, die Stadt Stralsund einzunehmen. Diese Erfolge erregten großes Aufsehen. Einige königstreue Anhänger in Schweden glaubten, daß Schill mit seinen Truppen nach Schweden übersetzen wollte, um den einige Zeit vorher gefangengenommenen König zu befreien. Am 31. Mai 1809 kam es zum Entscheidungskampf in Stralsund, Schill unterlag einer großen französischen Übermacht, er selbst wurde schwer verwundet und starb.
Aufgrund des Friedensvertrages von 1810 zwischen Frankreich und Schweden wurde Pommern wieder unter die Herrschaft der Schweden gestellt. Doch erst im Zuge der Befreiungskriege 1813-1815 wurde Pommern endgültig von den Franzosen befreit. Als Ergebnis des Wiener Kongresses 1815 trat Schweden Vorpommern und Rügen an Dänemark ab, das es im Austausch gegen das Herzogtum Lauenburg für 3,5 Millionen Taler den Preußen überließ. Erstmals seit 1637 war Pommern wieder geeint!